工厂三年未缴社保，员工有权要求补缴，但具体处理需分情况判断。若工厂与员工存在合法劳动关系且已满三年未缴社保，员工可通过法律途径主张补缴。具体如下：
1. 员工仍在职：可直接要求工厂补缴三年社保，工厂需补缴单位应缴部分，员工个人也需补缴个人部分。
2. 员工离职未满一年：可通过劳动仲裁要求补缴在职期间社保，仲裁时效自离职日起算，需在一年内申请。
3. 员工离职超一年且未及时主张权利：可能因仲裁时效超期维权困难，但社保补缴属行政征缴范畴，部分地区社保部门仍可受理。
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工厂三年未缴社保，法律明确用人单位应为员工缴纳社保。从法律依据看，《中华人民共和国社会保险法》第五十八条规定：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。”工厂作为用人单位，与员工建立劳动关系三年未缴社保，违反上述规定，员工有权要求补缴。该法第六十三条还规定，用人单位未按时足额缴纳社保费的，社会保险费征收机构责令限期缴纳或补足。因此，工厂三年未缴社保属违法行为，员工要求补缴具有充分法律依据，工厂应承担补缴义务。
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工厂三年未缴社保，以下特殊情况可能影响处理结果：
1. 工厂已注销或破产：若工厂在员工维权前已注销或破产且无财产执行，社保补缴可能无法实现，员工可向社保部门申请社保补贴等其他途径弥补，但实际补偿金额有限。
2. 员工自愿签“放弃社保协议”：部分员工入职时与工厂签订自愿放弃社保协议，该协议因违反法律强制性规定而无效，员工仍可要求补缴，但工厂可能以此为由拖延或拒绝，增加维权沟通成本和时间。
3. 员工属“灵活就业人员”或“兼职关系”：若员工与工厂仅为兼职或劳务关系而非劳动关系，工厂无缴纳社保义务，员工需先证明存在劳动关系，否则无法要求补缴。
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工厂三年未缴社保，员工可能面临以下法律风险：
1. 社保待遇损失风险：若员工在职期间生病住院，因工厂未缴社保导致医疗费用无法报销，数万元医疗费需自行承担，无法向工厂主张全额赔偿。
2. 仲裁时效经过风险：若员工离职已满一年，且离职时已知晓工厂未缴社保却未在一年内申请劳动仲裁要求补偿，之后再申请仲裁，工厂可能以超过仲裁时效为由抗辩，导致员工无法获得经济补偿。

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